純化水設備的系統設計遵循模塊化設計理念，將預處理、RO反滲透、EDI連續取電離子、消毒滅菌和儲存分配等功能為基礎單元，并由各個功能模塊優化組合，經過組裝調試，在驗證后方可投入使用，確保整個系統的高性能和高質量，使得產出的純化水達到的預期水質標準。
醫藥純化水設備常用的工藝包括三種，分別為預處理+雙級RO、預處理+單級RO+EDI、預處理+雙級RO+EDI。通常根據企業原水水質和產水要求選擇制備合適的制備工藝。若原水的電導率不高、硬度較好，可不采用EDI工藝，反之，則可采用EDI工藝。如果產水水質需達到《美國藥典》標準要求，建議采用EDI工藝，因為EDI產水比RO產水的電導率更低。
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